Teks tebal menandakan KRL dapat mengakhiri perjalanan di stasiun tersebut.
Commuter Line Bogor[a] adalah layanan kereta komuter yang dioperasikan oleh KAI Commuter. Lin ini melayani perjalanan dari Stasiun Bogor dan Stasiun Nambo hingga Stasiun Jakarta Kota serta Stasiun Depok. Jarak yang ditempuh di relasi ini sekitar 54,823 km. Setiap hari, relasi ini merupakan yang terpadat, terbanyak, dan tersibuk di antara relasi lain di Commuter Line Jabodetabek dalam segi jadwal dan volume penumpang. Pada peta perjalanan Commuter Line, relasi ini diberi warna merah, sehingga sering disebut sebagai Red Line.
Jalur Jakarta Kota–Bogor adalah jalur kedua yang dielektrifikasi setelah jalur Tanjung Priok–Jatinegara pada saat itu. Sebelum Mei 2022, jalur ini disebut Lin Sentral (Central Line) dengan singkatan "C". Segmen jalur dari Jakarta Kota ke Manggarai juga digunakan bersama dengan Commuter Line Lintas Cikarang (Lin Cikarang, Cikarang Line) (via Manggarai) dan jalur dari Manggarai sampai Bogor juga digunakan bersama dengan Commuter Line Lintas Loop Line (Lin Lingkar, Loop Line).
Mulai 28 Mei 2022, Lin Sentral berubah nama menjadi Lin Bogor seiring dengan perubahan grafik perjalanan kereta api untuk KRL Jabodetabek. Lin Bogor memiliki singkatan "B". Rute perjalanan menuju Stasiun Nambo juga ditambahkan ke Lin Bogor sehubungan dengan dinonaktifkannya Lin Lingkar. Jalur melingkar Jatinegara yang sebelumnya dilayani Lin Lingkar diambil alih oleh Lin Lingkar Cikarang yang kini tidak lagi melayani ke Jakarta Kota, sehingga segmen dari Jakarta Kota ke Manggarai kini hanya dilayani oleh Lin Bogor.
Tidak berhenti atau hanya lewat dan menaikkan/menurunkan penumpang di stasiun ini, kecuali ketika kereta menunggu atau berbagi jalur dengan kereta api antarkota atau dalam keadaan darurat.
Stasiun pemberhentian kereta api antarkota lintas selatan dan utara Jawa
Saat ini, Stasiun Gambir tidak melayani Commuter Line karena semua peronnya digunakan sebagai terminus (titik awal keberangkatan dan titik akhir kedatangan) kereta api antarkota dan tidak memiliki gerbang uang elektronik. Pada Juni 2022, Kementerian Perhubungan mengumumkan rencana bahwa Stasiun Manggarai akan menjadi terminus baru kereta antar kota di peron khusus (terpisah dari Commuter Line), yang berarti Stasiun Gambir akan berhenti melayani kereta antar kota dan mulai melayani Commuter Line.[2]
*dioperasikan oleh PT KAI Commuter Jabodetabek (hingga 20 September 2017) dan PT Kereta Commuter Indonesia (hingga saat ini)
**dioperasikan oleh PT Kereta Api Divisi Angkutan Perkotaan Jabotabek (hingga 15 September 2008) & PT KA Commuter Jabodetabek (hingga 2 Juli 2011)
***operasional dialihkan dari swakelola perusahaan induk karena berfokus pada layanan antarkota dan aglomerasi.
****operasional dialihkan dari KAI Bandara
Stasiun
Commuter Line Cikarang
Commuter Line Rangkasbitung
Commuter Line Tangerang
Commuter Line Tanjung Priok
Commuter Line Basoetta